L'AFAQAP est une association à but non lucratif fondée en 1990 par les pathologistes français (médecins spécialistes en anatomie et cytologie pathologiques) dans le but de renforcer la qualité de leur pratique. Elle est ouverte à tous les professionnels de la discipline, français et étrangers. Depuis avril 2006, elle est organisme agréé d'EPP (Evaluation des Pratiques Professionnelles) par l'HAs (Haute Autorité de santé).